疫苗總量不足，民眾等待疫苗望穿秋水，接種預約平台登記太踴躍，還導致大當機。國民黨立委賴士葆根據衛福部新冠肺炎防治及紓困預算統計發現，截至六月底，政府買疫苗的錢，帳上總共花了六十七億元，但實際與現況比對，六月底前台灣只花費十億元左右購買國際認證疫苗，就算再多算十億元當作預付款，至少還有四十至五十億元花費，花到哪裡去了？ 

中央流行疫情指揮中心副指揮官陳宗彥昨表示，疫苗採購有保密合約，而採購疫苗也會有先付前期款或分批給付等情況。指揮官陳時中說，有些疫苗已經到貨，有些是付了前期款，也有部分經費用來支付預採購國產疫苗，基本上不會只有十億元用於購買國際認證疫苗。不過，賴士葆隨後致電審計部審計長陳瑞敏詢問此事，應該監督行政部門預算執行情形的審計長，竟也三緘其口拒絕透露，還強調疫苗採購支付是「機密」。 

行政部門拒絕提供資料，賴士葆自行比對衛福部資料及國際疫苗採購價格，他推估目前政府採購ＡＺ疫苗七十二萬劑，共○．七二億元；採購莫德納疫苗八十萬劑，共九．六億元，合計約十億元，姑且再加十億元算作是預付款，卻也有近四十億至五十億元去向不明，陳時中應交代清楚。 

賴士葆也統計，政府補助疫苗開發的預算編廿億元左右，國光拿了一億多，高端與聯亞各拿了五億多元，他合理推測行政部門無法交代的這四十億元至五十億元，大部分拿去支付高端與聯亞的預付款，可是他們還沒通過ＥＵＡ，政府等於提供近五十幾億元給他們周轉。賴士葆質疑，全世界哪一個國家疫苗花多少錢可以不公布的？